剧情简介：２１ＸＸ年，殖民地卫星由拉西亚发生了恶性爆炸破坏及机器暴走事件，接到命令的Ｘ和ＺＥＲＯ紧急出击，原来是受到了西格玛收买的赏金猎人戴纳魔为了引开他们而设下的陷阱，这时，地球上也遭受了大面积的病毒感染，而且殖民地卫星由拉西亚也因为爆炸而改变轨道向地球冲来，为了拯救地球异常猎人收集了大炮欧尼格玛的部件并射击殖民地卫星由拉西亚但是却没能消灭它，异常猎人ＺＥＲＯ在和西格玛病毒的作战中对于自己没被感染却身体恢复感到惊讶，同时赏金猎人戴纳魔也不断来基地捣乱，最后为了挽救地球ＺＥＲＯ驾驶着失去了自动导航系统的火箭冲向殖民地卫星由拉西亚，并最终将其消灭，原本以为地球终于脱离危机没想到……一种新型病毒ＺＥＲＯ病毒竟在地球蔓延！！ＺＥＲＯ为了寻找自己的身世返回了威利博士的研究所却中了西格玛的圈套，不得不与自己的战友Ｘ对决，但是最终还是友情战胜了仇恨，Ｘ和ＺＥＲＯ拼死击倒了幕后黑手西格玛，西格玛则在临死前给予Ｘ和ＺＥＲＯ重创。
ＺＥＲＯ在弥留之际，回想起了自己的过去，并看到了爱瑞司，心中抱着深深歉意的ＺＥＲＯ告诫Ｘ要顽强的活下去并留下了自己的光剑，然后就……Ｘ在濒死的边缘被莱德博士寻回，醒来的Ｘ没能再见到ＺＥＲＯ……虽然痛苦但是Ｘ却成长了不少，背负着与ＺＥＲＯ的誓言，拿起了光剑开始继续战斗…… !
bad_end：
ＺＥＲＯ没能阻止殖民地卫星由拉西亚的落下，地球陷入了危机，恢复记忆的ＺＥＲＯ变成了Ｘ的敌人，Ｘ忍着痛苦与ＺＥＲＯ决一死战，最终恢复了的ＺＥＲＯ为了保护Ｘ而牺牲，而Ｘ也独立面对西格玛……被莱德博士寻回的Ｘ清除了所有关于ＺＥＲＯ的记忆，并且不再接受ＺＥＲＯ的任何资料，但是善良的Ｘ指挥着剩下的机器人们开始重建地球，虽然痛苦并久远但是Ｘ相信只要大家一起努力就一定不会再发生悲剧并且能创造一个共同属于机器人和人类的美好家园。
在一开始选人时，我建议大家选x，因为这样在后面的游戏中，x会多一套盔甲，也就是4代中要玩家收集的那一套白色的；若不是的话，以后x在收集盔甲时会遇到相当的困难。
在开始关的头目sigma其实很容易打，他攻击时只要蹲下就可以了。
在5里，x一共有4套盔甲：白色，终极，飞行，重四套盔甲。
在选关界面里，左边四个关卡里，各有飞行盔甲的部件一个，右边的则是重盔甲。其中重盔甲的两个部件一定要先拿道飞行盔甲才可拿。这次游戏中蓄血箱和蓄气箱的位置都好找，我就不说了
让我逐个关卡说：
熊那一关的心，在顶部有刺的一节车厢的右边的刺的上面，用飞行或重盔甲拿。盔甲部件，在刚下车后的上方一个缺口里，可让zero，（之前要先学二段跳，就是打完熊之后，X的终极也可以去拿在凸出来的地方用黄金冲撞在撞一次就可以拿到）。头目可用玫瑰那招克制。
鱿鱼那一关的心在一条很明显的岔路的弹簧开关里，需要重盔甲。部件需要在开头骑车的那一段路里收集全部的篮球就可以了。头目可用鲸鱼那招冰克制。
萤火虫关的心在一开始下方的刺阵里，需要飞行或重盔甲，终极也可以。部件在那些粒子炮路段中上方的一个缺口里，要熊那一招打开。头目用鱿鱼的电克制。
鲸鱼那一关的心在打鱼尾和鱼身（指那个中头目）之间的一幅镶满刺的墙之上，要飞行或重盔甲（ZERO也可以）。部件需要鲸鱼那一招来打开门（一定要x）。头目用熊那一招克制。
飞马那关的心很好找。部件在上往右上角移动的电梯前，用飞行盔甲一直往上飞就看见了。头目可用蝙蝠的定时定住。
蝙蝠那一关的心，肯定谁都看的见，拿到飞行或重盔甲再去拿。部件在打头目前的下方一个缺口处，要萤火虫那儿学来的遥控飞弹开启大门（此处一定要x去拿）。头目用萤火虫那招克制。
玫瑰那一关比较复杂。心在在上那个很多条绿色绳索之前右边的砖块后面，要用重盔甲撞过去。见到心后却因为重盔甲笨重跳不上去怎么办呢？把一块砖头撞到边上就可。部件在过**绳索阵时上方的一个缺口里，要用飞行盔甲飞上去。头目用火龙的火克制。
火龙那关要小心些。心在熔岩通道的最左边，冲过去拿就是。部件拿时比较复杂：在有机器人使用时，使用机器人从下方通过熔岩，到达最右边就看见岸上就是部件，但那个位置却很难上去，我尝试了几十次，却只成功一次。玩家若是用飞行盔甲来这关的话，就没问题。先去看到部件的位置（若不然就找不到的） ，回到前一个楼梯，上去离开机器人后（怎样离开不用我教吧），飞过右边即可。头目用飞马的风克制。
打完8关以后，中间出来一个关卡，头目是一个泥浆怪。建议用飞行盔甲打，在他换泥团时飞到最上方。过了这关，下一关的头目是一个……我都不知怎样形容他，反正如果可以穿重盔甲去到他脸前的话，最好用重盔甲打，那样会很轻松（用白盔甲也不错）。
再之后是打zero,这时的zero比你用的时候可要强上好多，招式多很多，并且攻击范围都很广。要跟他比速度，尽快打到他。要注意一点就是如果打这关时是用不穿装甲的x，就可以拿到终极装甲。它在这关一个往下的缺口里，依附着右边的墙就可以进去一间房间：在具体哪个缺口我也说不清楚，请玩家仔细找一找。若zero来这里则可变为黑色zero。
最终头目sigma嘛，跟4代一样，要打两次，第一次技术好的话，没什么难度；第二次嘛，最主要是攻击他额头中间那个点，有终极装甲的话就没什么难度。
我这里谈一谈各套盔甲：白色盔甲比4烂了很多，连那仅有一次的绝招也删掉了。我最喜欢用飞行盔甲，他的机动性真的无与伦比。重盔甲最烂，开炮连那炮都打不远，攻击力又不强，机动性又差，只有防御力比较优秀，并且不怕刺，但可惜用不了特殊武器。终极装甲只能用一个字形容“强”，但似乎强的太过分了。
还要说一点，就是有时候打完头目后会奖你一些组件。在选关卡界面按一下换武器那个键就可以进入装备界面了。
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